Sydney si risveglia in un magazzino. Poco distante raggiunge i suoi salvatori. Le coordinate trovate da Lindsey indicano un punto nel deserto a meno di un’ora di distanza. Nel frattempo, grazie alle conoscenze di Sloane, hanno rintracciato un uomo, un neuro ricercatore che potrebbe aiutarla a ricordare. Mentre le false coordinate hanno portato Lindsey in un punto qualunque dove non troverà mai niente.
Jack e Sydney arrivano nel deserto; con l’aiuto di un metal detector trovano una cassetta di metallo, la aprono e trovano una mano con tatuato il simbolo di Rambaldi.
Dixon, in presenza dei suoi figli viene arrestato per sospetta cospirazione e intralcio ad indagini federali.
Sydney e Jack si riuniscono al gruppo. Lauren quando rientrerà farà fare il test del DNA sulla mano trovata. Per giustificare la sua assenza dirà di essere stata rapita dalla Convenzione e che Sydney è ancora nelle loro mani e per riaverla la CIA deve dar loro in cambio un congegno di Rambaldi. Secondo Jack è credibile e Sloane gli reggerà il gioco. Per essere credibile, però, dovrebbe avere dei segni di maltrattamento. Sarà Sydney a farlo.
Durante l’interrogatorio con Dixon, Lindsey viene informato dell’arrivo di Lauren. La quale informa il suo superiore delle volontà della Convenzione. Prima di andarsene gli consegna un cellulare, datole dalla Convenzione. Alle 18.30 Lindsey dovrà premere un tasto, la voce dall’altra parte gli darà i dettagli. Fatto ciò Lindsey accetta di fare lo scambio.
A New Haven, Sydney, Jack e Vaughn, incontrano il neuro ricercatore, il dottor Brezel. Un tipo strano. Ma non avendo altra scelta, Sydney si prepara all’intervento. Il dottore le inietta delle sostanze, in poco tempo Sydney si addormenta e comincia a sognare. Si trova in ambulanza, insieme a Vaughn, subito dopo la lotta avvenuta nel suo appartamento con “Francie”. E’ confusa, agitata, Vaughn cerca di calmarla, lei vuole sapere di Sloane, fa mille domande poi si accorge che vaughn non porta la fede, si baciano, si staccano e lui è Sloane. Lei indietreggia e lui la scaraventa fuori della lettiga. Si vede nel momento in cui ha sparato a “Francie”. Poi dopo aver perso i sensi, tre uomini dal volto coperto arrivano e la portano via. La portano in un furgone e le iniettano qualcosa nel collo. A quel punto Sydney si trova in un immenso giardino, è il giorno del suo compleanno e in mezzo a tante amiche suo padre la invita a tagliare la torta, sulla quale spicca una scritta: “St Aidan”. Lei prende il coltello, la taglia e n’esce sangue, alza gli occhi e trova Lazzarey. Li riabbassa e vede che gli sta tagliando la mano. Fa qualche passo indietro e vede un furgone, corre verso questo, apre il portellone e si trova in un edificio pieno di porte e scale. Vede i tre uomini che la portano via in barella. Li segue e si trova davanti alla porta numero 47. Dietro di lei un’altra porta sbatte. La apre e vede ancora gli uomini con la barella. Corre per raggiungerli e si ritrova alla porta 47. Alle sue spalle una voce, la chiama: è Lauren. Sydney la raggiunge e dopo un violento scontro, Lauren tenta di soffocarla. A quel punto Sydney rischia veramente. Viene rianimata perché in arresto cardiaco e tratta in salvo. Dopo aver riposato ed essersi ripresa, Sydney racconta al padre e a Vaughn cosa ha visto in sogno e decide di riprovarci.
Intanto, Sloane incontra Lindsey e gli conferma le volontà della Convenzione. Lindsey chiede a Sloane di trovare una persona di fiducia per un lavoro sporco: uccidere Sydney.
Lauren, informa Jack che il DNA della mano appartiene a Lazzarey, grazie all’esame, hanno saputo che Lazzarey era ancora vivo quando gli hanno tagliato la mano, quindi non può essere stata Sydney ad ucciderlo.
Sydney, in sogno, si trova in macchina (di marca St Aidan) con Dixon. Arrivano al suo appartamento dove trova Marshall e Weiss che le indicano la cucina. Giunta, si trova di nuovo faccia a faccia con Lauren, che le consiglia di andarsene, poi le punta una pistola, Sydney la disarma e tenta di soffocarla con un pezzo di plastica. Lauren riesce a liberarsi, ma è un’altra Sydney. Si trova a combattere con se stessa. L’ultima le dice di fidarsi di Lazzarey, combattono e infine la “vera” Sydney riesce ad uccidere l’altra. Esce dalla stanza e si trova per l’ennesima volta davanti alla porta numero 47. Entra e quello che vede la lascia senza parole, sbigottita.
