Sydney continua ad avere gli incubi; quindi decide di andare all’ospedale navale di Stafford. Decisa a fare l’intervento per recuperare la memoria, s’incontra con un dottore che le mostra la stanza di un ex agente della CIA, Kennet Blake, il quale in seguito alla perdita della memoria, decise di sottoporsi all’intervento, l’uomo è in uno stato catatonico, si muove a stento ed è legato con la camicia di forza. L’operazione gli ha causato un danno permanente al cervello. Il CSN lo considera un esperimento riuscito.
In Messico, la polizia cattura Avier Pares. In prigione, a rischio di essere mandato a Cuba e condannato a morte, decide di collaborare e raccontare la faccenda dell’omicidio Lazzarey.
Intanto alla CIA, arriva scortato e incappucciato Sloane, pronto a raccontare che 10 ore prima, Sark gli ha dato una nuova missione da parte della Convenzione: prelevare un prototipo di raggio maser, una microonda che viene concentrata in un raggio sottilissimo. La Cina intende montare un raggio maser su uno dei suoi satelliti per compiere omicidi programmati, in modo da far sembrare la vittima morta per cause naturali. La sera dopo, Sloane parteciperà ad una serata di beneficenza organizzata dal governo cinese in uno dei suoi ministeri. La Convenzione ha saputo che in quel ministero si trova un prototipo dell’apparecchio maser. Sloane vuole che sia Syd ad accompagnarlo. Lei naturalmente accetta per tenerlo d’occhio.
Intanto Vaughn e Lauren stanno preparando una missione per il CSN: recuperare Avier Pares. Prima che i due partano Jack chiede a Vaughn fare qualcosa perché Lauren non venga a sapere la verità su Julia Thorne, lui, però si rifiuta di mentire ancora alla moglie.
Arrivati a Pechino, Syd si finge l’assistente personale di Sloane. Si mischiano alla folla, poi grazie ad un congegno ideato da Marshall, eludono il sistema di sicurezza.
Nel frattempo Vaughn e Lauren arrivano in Messico, stanno andando verso la prigione, quando vengono assaliti da un gruppo di malviventi che li catturano, dando così il tempo a Jack di uccidere Avier Pares.
Nello stesso tempo a Pechino Syd trova la cassaforte contenente il prototipo del maser, sta inviando i dati a Marshall, quando viene sorpresa da due guardie che dopo una dura lotta riesce a sconfiggere. Permettendo a Syd di completare brillantemente la missione.
Lauren e Michael, arrivano nella prigione in cui è tenuto Pares. Lo trovano impiccato.
Allontanandosi in macchina da Pechino, Sydney consegna a Sloane la copia alternata del sistema operativo. Lui le da una lettera arrivatagli il giorno in cui lei si è risvegliata a Hong Kong senza memoria. La busta contiene un codice cifrato e una chiave.
Tornati a Los Angeles, Vaughn accusa Jack dell’omicidio di Pares.
Nel parcheggio sotterraneo della CIA, Lauren “incontra” Sark. Il quale puntandole una pistola alla testa, la costringe ad entrare in macchina e le mostra delle foto che svelano l’identità di Julia Thorne: Sydney Bristow.
Sark vuole che le foto siano consegnate al CSN, poi andandosene attiva una carica esplosiva posta sotto la macchina di Lauren; impedendole di muoversi per mezz’ora.
Tornando in volo dalla missione, Syd fa ancora quel sogno: un angelo e in sottofondo il suono di campane. Viene svegliata dalla telefonata del padre che le spiega che il codice trovato nella busta era un’invenzione della madre, quindi Syd probabilmente era in contatto con lei in quei due anni. Il codice è un indirizzo di Roma, l’appartamento all’attico. I due decidono di andarci appena lei sarà di ritorno.
Gli artificieri controllano la macchina di Lauren, mentre Michael la raggiunge. Lei gli dice cosa ha saputo e capisce che il marito n’era già al corrente. Vaughn cerca di convincerla a non parlarne con il CSN ma inutilmente. Lauren ha già fatto rapporto a Lindsey.
Michael chiama subito Syd, appena atterrata, le racconta tutto e le dice che l’aiuterà a scappare dal CSN. Lei decide di andare a Roma.
Alla CIA, Vaughn nega di aver aiutato Syd a fuggire. Jack capisce che è stato lui e gli chiede se sarebbe disposto a fare di più per aiutarla. Chiaramente la risposta è si.
Lauren, informa Dixon che Lindsey, in nome del CSN lo solleva dall’incarico di direttore di quella task force, per assumerne personalmente il controllo. Questo perché ha nascosto la verità per proteggere Sydney.
Arrivata a destinazione Syd scopre che la chiave che era nella busta, apre la porta dell’attico e di riconoscere l’appartamento. Dopo averlo perlustrato, si sdraia sul letto. Da cui si vede una chiesa, sulla quale sovrasta la statua di un angelo vicino al campanile. Scossa, corre in bagno per lavarsi la faccia. Apre l’armadietto dei medicinali e trova un flacone di pillole a nome di Julia Thorne. Richiudendolo si trova alle spalle un uomo, anzi più di uno che la catturano e in nome del CSN la dichiarano in arresto.
