A Berlino, un elicottero strappa un ascensore dal tetto di un palazzo su cui si trovano due agenti della CIA.
Jack, dopo aver verificato che Sydney non sia sotto gli effetti di un lavaggio del cervello,la convince di non confessare alla CIA di aver ucciso Lazarey, dato che non si sa ancora come siano realmente andate le cose nell'omicidio del video. Weiss intanto cerca di aiutare Sydney a trasferirsi in un appartamento vicino al mare e vicino a casa sua. Weiss le racconta che Vaughn si è molto isolato dopo la sua "morte" e non è voluto tornare tornare alla CIA.
Nel frattempo alla CIA, si scopre che la "Convenzione", un'affiliazione di nazionalisti russi, è responsabile del rapimento dei due agenti nell'ascensore. La Convenzione rivendica il sequestro e minaccia di ucciderli se non verranno rispettate alcune condizioni. Sydney accetta la missione per il recuperaro di un pacchetto che "la Convenzione" ha lasciato in un cinema a luci rosse a Monaco. Dixon consiglia a Sydney di frequentare un gruppo di terapia per gli agenti che hanno perso la memoria; Jack racconta a Sydney che due anni prima i suoi "resti" sono stati cremati, e Vaughn ha sparso le sue ceneri in mare. Inoltre lei rimane turbata vedendo il suo nome tra quelli degli agenti CIA caduti durante il servizio.
A Monaco, Sydney recupera il pacco e lo apre, ritrovando la testa di uno dei due agenti CIA. Nella bocca dell'uomo si trova un biglietto con la richiesta: Chiedono la liberazione di Sark in cambio dell'altro agente ancora prigioniero, lo scienziato Peter Klein. Sydney obietta alla richiesta, ma Lindsey dice che Sark, da due anni loro prigioniero, non ha più segreti da rivelare e, in base alle informazioni fornite da Sloane, rischia di essere ucciso dalla stessa Convenzione. Sydney va a trovare Vaughn a scuola dove ora è insegnante di Francese, e gli dice di essere disposta ad accettare il suo ritorno alla CIA se lui lo vorrà. Vaughn le dice che dopo la sua "morte", si è lasciato andare e ha cominciato a bere. Confessa che era profondamente innamorato di lei, ma non si pente di essere riuscito a riprendere in mano la sua vita.
Jack alla Omnifam, a Zurigo affronta Sloane, dubitando della sua redenzione ed accusandolo per la sparizione di Sydney. Ma Jack offre una tregua, se Sloane gli darà qualche dettaglio per riuscire a capire questo mistero. Sloane da' a Jack un disco con le sue indagini sulla morte di Sydney, che non hanno però portato a nulla di rilevante. Nonostante Sloane continui a negare, Jack gli dice che lo seppellirà per il suo coinvolgimento nella sparizione di Sydney.
Sydney incontra Sark nella prigione alla CIA e lui dice di non saperne nulla di quanto le è successo, affermando anche di non sapere nulla in merito alla Convenzione e sul perchè lo vogliano in cambio dell'agente CIA.
Nel deserto di Sonora avviene lo scambio tra Sark e Klein, ma tutto viene interrotto da un elicottero della Delta Force che Lindsey ha mandato. Nella confusione, Sark e l'ag. Klein vengono presi dalla Convenzione. Sydney rientrata alla CIA, minaccia Lindsey per quanto ha imprudentemente ordinato di fare.
Un uomo della Convenzione chiamato Ushek San'ko minaccia Sark, accusandolo di aver ucciso suo fratello, e chiedendogli 800 milioni di dollari, dicendo che, anche se non lo sa, lui possiede quei soldi. Vaughn rientra in servizio alla CIA, mentre Jack scopre che Sark e San'ko hanno preso 800 milioni di dollari in lingotti d'oro da una banca delle isole Cayman. I soldi appartenevano ad Andrian Lazarey, il diplomatico russo ucciso un anno prima (...da Sydney, come si vede nel video). Quella era l'eredità di Lazarey, lasciata al figlio, Julian Sark!
Weiss rintraccia Klein in un night club di Francoforte gestito da Otto Edel, uno spacciatore di droga. Jack crede che la Convenzione sia responsabile per i due anni di assenza di Sydney e per averla costretta ad assassinare Lazarey. Per questo motiva contatta Irina, che gli offre il suo aiuto. Al night club, Sydney finge di essere una chimica e si offre di triplicare le vendite di Edel rendendo la sua droga più indispensabile da prendere. Sydney minaccia di iniettare la droga ad Edel, e prima di stordirlo si fa rivelare da lui dove è situato il terminale dell'allarme dell'edificio. Vaughn aiuta da lontano Sydney a disinserire correttamente l'allarme con il codice corretto. Sydney apre la sala delle torture, dove si trova lo scienziato Klein, riuscendo ad eliminare il suo carceriere. L'uomo in fin di vita le dice di ricordarsi di lei e che lei ha mantenuto la sua promessa di ucciderlo, affermando che lei era una delle sue preferite perchè non ha mai ceduto.
Tornata al Los Angeles, Sydney al gruppo di terapia CIA, ascolta mentre altre persone discutono dei loro problemi di amnesia e dei conseguenti incubi. Sydney incontra Dixon e gli dice che, sebbene sia ancora innamorata di Vaughn, lei non farà parte del gruppo. Dixon presenta a Sydney la donna con cui stava parlando: Lauren Reed, la nuova rappresentante del Consiglio di Sicurezza Nazionale in sostituzione di Lindsey, che indagherà sull'omicidio di Lazarey. Lauren è la moglie di Vaughn!
