A Belfast nell’edificio, sede di una banca, scoppia una bomba, causando la morte di tantissime persone: Daniel Ryan, un fabbricante di bombe rivendica l’attacco e promette di far scoppiare un’altra bomba, colpendo un obiettivo americano e suscitando l’interesse delle organizzazioni criminali ai suoi “prodotti”. Sydney incontra Liezenker, il disertore della Convenzione recuperato in Corea del Nord: la CIA vuole catturare Ryan e scongiurare così un altro attacco, fingendosi la Convenzione. In un pub di Belfast Weiss incontra Ryan, mentre Sydney e Vaughn, fingendosi della Convenzione, lo recuperano. Alla CIA viene ricostruita, nei minimi dettagli, la stanza dell’hotel Commodore di Mosca nella quale, come da protocollo, Ryan incontra gli agenti della Convenzione. Viene inscenato anche un notiziario che racconta dell’accaduto,: di un agente CIA rimasto ucciso nel recupero di Ryan. Ryan però insiste per incontrare il suo contatto: l’alias di Sydney non è credibile. Liezenker entra in scena e tenta di convincere Ryan a collaborare garantendo per Emma, l’alias di Sydney in questa missione. Per dare l’ennesima prova Vaughn si finge il capo della cellula del Nord America, Julian Sark, che Ryan non ha mai incontrato prima. La CIA invia a Roma Vaughn e fa in modo che sullo stesso aereo si imbarchi Sark, per il recupero della bomba. Sloane rivela a Sydney che quella di Ryan è una trappola: la Convenzione gli ha ucciso il fratello ed è stata proprio Sydney a farlo, per dar prova di fedeltà. Sark e Vaughn, sull’aereo, tentano di disinnescare la bomba, anche se con scopi diversi ma con lo stesso obiettivo: consegnarla ai propri superiori. La CIA rivela a Ryan la farsa per bloccare l’esplosione e salvare la vita dei passeggeri del volo e soprattutto quella di Vaughn.
Ryan ne vuole comunque approfittare per vendicare la morte del fratello, ora che conosce l’identità dell’ assassina, Julia Thorne. La sua vendetta non si compie: Sark viene arrestato dalla polizia aeroportuale ed estradato, mentre Vaughn è già sul volo di ritorno. Sciolta la tensione Sydney ha un crollo: per pochi secondi avrebbe perso per sempre Vaughn. Nel parcheggio della CIA lo incontra e si abbracciano.
