Dall’esperimento di ricostruzione dei ricordi, Sydney ottiene un nome, un nuovo elemento: St. Aidan, ora deve scoprire di cosa si tratta e se e come Will vi è legato. Il dottore, indicato da Sloane, per la ricostruzione onirica, viene torturato a morte da Sark, che vuole sapere cosa Sydney avesse ricordato. Sydney decide di contattare Will, che vive nel Wisconsin e lavora in un cantiere, sotto la falsa identità di Jonah. St. Aidan è il nome del contatto di Will quando faceva ricerche alla CIA: seguendo il protocollo Will e Sydney arrivano ad interrogare St. Aidan, il cui vero nome è Andrian Lazarey. Ma durante l’incontro Lazarey viene rapito da Sark, che si rivela essere suo figlio. Intanto Lindsey organizza lo scambio con la Convenzione: un congegno di Rambaldi in cambio di Sydney. Vaughn e Jack indagano con l’aiuto di Sloane, che fa il doppio gioco con Lindsey. Will e Sydney, con gli alias di due musicisti, vanno in un hotel di Varsavia per recuperare l’oggetto riguardante Rambaldi che proprio Sydney aveva nascosto. Qui si imbattono in Allison Doren, il duplicato di Francie.
Tornati nella safehouse Will e Sydney finiscono a letto insieme… A Los Angeles Jack e Vaughn hanno uno scontro con Lindsey che li fa arrestare: Jack coglie l’occasione di intimare a Vaughn di non continuare a far soffrire Sydney e di dissuaderla da sperare in un futuro con lui. Lo scambio salta e si sospetta di Lindsey , ma Sydney crede che sia stato un piano di Sloane per avere il congegno. Tornata alla CIA Sydney consegna l’oggetto recuperato a Varsavia: un cofanetto che contiene una piccola ampolla, all’interno di questa c’è del liquido e del materiale organico, inoltre il nome sul cofanetto è di Milo Rambaldi.
