A Los Angeles durante la notte, Vaughn si risveglia da un
incubo, è sempre alla ricerca di qualcosa che abbia a che fare con Usignolo e suo padre Bill, non avendo trovato niente si demoralizza e crede che suo padre sia morto,
lui vorrebbe lasciare. Sydney lo incoraggia a continuare offrendo anche il suo
aiuto. Due scienziati intanto, in un laboratorio stanno sperimentando un
congegno elettronico particolare e chiudono un uomo vicino all'apparecchio.
Quando lo attivano, l'uomo viene sciolto dall'arma che altera il suo dna fino ad
ucciderlo. Sydney all'APO, chiede aiuto al padre, spiega la situazione a Jack e gli chiede di accedere al suo computer con un livello alto per avere informazioni riservate, lui acconsente e le lascia usare il computer liberamente. Subito Jack informa Sloane della Cosa. Le ricerche hanno esito positivo, la parola usignolo la porta a due uomini: uno scienziato in Siberia di nome Josef Vlachko e Hans Dietrich, il proprietario di una lavanderia a gettoni immischiato nel mercato di armi. Vaughn non è contento di sapere che anche Jack sia a conoscenza della cosa ma accetta perchè si fida di Sydney Nel frattempo, Jack dice a Sloane che non sa bene quello che Sydney e Vaughn sappiano, ma Jack propone di lasciarli continuare ed usarli per ottenere informazioni. Vaughn e Sydney vanno a Monaco ed all'interno di un locale Sydney si traveste da cameriera porta Dietrich in privato e ruba il suo hard drive. Rientrati a Los Angeles i due si mettono al lavoro per decifrare le informazioni del disco. Ad un certo punto Vaughn riceve una telefonata misteriosa che gli dice di fingere con Sydney che al sia Weiss al telefono. Gli dice di uscire e andare in biblioteca da solo, se vuole sapere qualcosa sul padre. In biblioteca, riceve altre informazioni, deve iniettarsi una sostanza che lo paralizzerà. Un uomo di nome Roberts lo avvicina, gli dice che gli darà informazioni sul padre, ma chiede la serpentina di usignolo in cambio. Tanto per iniziare gli da un nome; il nome di Phillip Burke. Vaughn inizia a indagare e scopre che la morte di Phillip Burke è simile a quella di Bill Vaughn, hanno addirittura la stessa struttura dentale.
Nel Frattempo Jack e Sloane vogliono saperne di più sull'argomento e devono insistere con Sydney affinchè convinca Vaughn a passare all'APO l'indagine. Così Jack invita Sydney per cena, e gli confida che Usignolo riguarda esperimenti molecolari che alterano i DNA dei soggetti con gli stessi marker genetici. Jack dunque incoraggia Sydney di rendere pubblica la ricerca e usare le loro risorse APO investigare. Vaughn informa Sydney del suo incontro con Roberts. Lui nonostante qualche perplessità è d’accordo di portare il caso all’APO, ma propone anche una contro missione per per recuperare la serpentina da scambiare con altre informazioni sul padre. Quindi all'APO preparano una missione e Jack, decide di andare con Vaughn e Sydney in modo da ottenere da Vlachko informazioni su si trova Elena Derevko prima che lo faccia Sydney, quindi eliminarlo.
Arrivati in Siberia, dove si trova una base nucleare abbandonata, nonché usignolo, Jack trova Vlachko il quale nega di sapere dove si trovi Elena; Sydney e Vaughn lavorano sulla serpentina per estrarla, ma sono sorpresi da una guardia che spara al pannello di controllo. Il sistema improvvisamente si attiva e Sydney rimane intrappolata all’interno del locale di sperimentazione. Marshall da Los Angeles tenta di annullare l'avvio dell'arma ma sembra fallire finché improvvisamente Usignolo si arresta senza motivo. Sydney consegna a Vaughn la serpentina fingendo di essere stata picchiata da lui. Dice a Jack che non è riuscita a fermare Vaughn che è fuggito con la serpentina. Più tardi vaughn manda un messaggio a Sydney dicendo che sta bene. Jack e Sloane discutono sull'accaduto dubitando che le cose siano andate come raccontato da Sydney. Mentre Jack sta per lasciare l'APO Marshall lo rincorre e gli dice che non è stato lui a bloccare il sistema, l'unico che lo avrebbe potuto fare era qualcuno sul posto che avrebbe dovuto staccare il reattore nucleare. Realizza subito che proprio Jack ha rimosso la barra d’alimentazione, salvando Sydney ma esponendosi a livelli pericolosi di radiazioni. Jack dice a Marshall che l'ha fatto per salvare la figlia e non dovrà saperlo nessuno.
