Sydney si incontra con un informatore all’Havana, travestita da ballerina. L'uomo le dice che la Terza Fazione sta pianificando un attacco su larga scala su un bersaglio civile. Dice che a Los Angeles in un armadietto, esiste un hard disk con tutti i dettagli e Dixon che sta ascoltando lo recupera immediatamente. Purtroppo la missione viene compromessa perchè l'informatore viene scoperto dal suo capo Ulrich che assiste all'incontro e così un suo uomo tende un agguato a Sydney e la rapisce. Subito dopo Ulrich che ha di fronte sydney e il suo traditore, spara all'uomo uccidendolo.
A Los Angeles Marshall è in ritardo a causa del bambino e Sloane lo chiama sgridandolo, di fare in fretta.
Nel frattempo all’APO, tentano di accedere al disco recuperato ma quando l’hard drive viene connesso, esplode rilasciando un agente chimico che infetta subito il tecnico addetto al disco. Dixon accorre immediatamente a soccorrerlo ma rimane infettato gravemente. Il sistema di sicurezza dell'APO reagisce immediatamente per rimuovere il vapore e i locali vengono ermeticamente sigillati. Finalmente arriva Marshall al parcheggio dello stabile, per fortuna in ritardo. Viene immediatamente avvertito dalla squadra della situazione e lui connettendosi alla rete del sistema antincendio vede che sono al sicuro. Vaughn chiama anche Sydney per sapere se la missione è andata a buon fine. Lo squillo dal telefono sveglia Sydney, che si accorge di essere sepolta in una bara, con il corpo dell’informatore accanto. Dall'APO le spiegano che devono restare in quarantena per 36 ore e non possono intervenire. Marshall che sta ascoltando la telefonata si offre volontario per andarla a recuperare, spiegando che può costruire un congegno che riceve le frequenze del suo cellulare e può localizzare la sua posizione. Marshall parte immediatamente e appena arriva all'havana con qualche difficoltà a causa della lingua riesce a costruire il rilevatore e si mette a cercarla. Sydney nel frattempo trasmette una foto dell’informatore all’APO così che possano trovare il suo partner. Sydney ad un tratto inizia a ripetersi e dire cose strane, gli altri capiscono subito che sta velocemente perdendo le forze. Jack chiama Marshall, che ha localizzato il luogo, si tratta di un cimitero. Purtroppo il congegno di marshall smette di funzionare e la batteria del telefono di Sydney si scarica completamente. Marshall dice a Vaughn come accedere al satellite e controllare la zona dove si trova così riescono a trovare Sydney. Marshall si mette subito a scavare e raggiunge la bara. Appena aperta Marshall si rende conto che Sydney e grave, non respira. Marshall prova la respirazione bocca a bocca e un massaggio cardiaco per ravvivarla mentre da Los Angeles la squadra osserva con il fiato sospeso l'evolversi della situazione dal satellite. Fortunatamente Sydney rinviene. Dixon riesce a ristabilirsi, Sloane immediatamente invia le informazioni su Ulrich; hanno ancora bisogno di trovare il bersaglio del suo piano d’attacco con la pericolosa arma batteriologica. Ulrich però conosce Sydney, lei propone di mandare Marshall per trovare le vere informazioni. I Due vanno a Berlino, e Sydney addestra Marshall su ciò che deve fare. Marshall entra nel locale e Sydney a distanza lo tiene sotto controllo, Marshall riesce a farsi ricevere nell'ufficio di Ulrich e si presenta come Jack Bristow. Riesce a far trasmettere le informazioni del computer di Ulrich all’APO, ma Vaughn dice che le informazioni sono criptate. Per decriptarle avranno bisogno del computer del seminterrato, protetto da uno scanner retinale. Marshall deve portare Ulrich al seminterrato cercando di caricare una mini pistola nascosta nel telefono, ma la pistola accidentalmente lascia partire un colpo e uccide Ulrich. Jack così dice a Marshall di estrarre l’occhio di Ulrich. Sydney entra immediatamente nel locale per aiutare Marshall, sconfigge le guardie, e insieme, vanno a decriptare le informazioni, usando l’occhio di Ulrich per accedere al computer. Il bersaglio dell’attacco batteriologico è Hong Kong. Vaughn informa la CIA e l’attacco viene sventato.
Tornati a Los Angeles, Sloane dice che la Terza Fazione è più estesa di quanto pensassero, e l’APO dovrà convalidare un centinaio di contatti sulle liste. Sydney riporta Marshall a casa; lui dice che odia mentire alla moglie, ma capisce che fa parte del suo lavoro. Sydney va alla stazione ad attendere Vaughn, la quarantena è terminata.
