Anno 1992 Buenos Aires: di notte un uomo si introduce in un orfanotrofio mentre tutti dormono e tenta di rapire una bambina che però riesce a scappare via. La bambina in questione è Nadia.
Vaughn mostra a Sydney il diario del padre, chiedendole di accedere agli Archivi Operativi
per trovare informazioni e successivamente grazie anche all'aiuto di Sydney, riesce a decifrare da quel diario un indirizzo di Lisbona che potrebbe aiutarlo a risolvere il mistero sul padre. Sloane durante un briefing all'apo, afferma che l'Istituto Bielorusso della Scienza ha sviluppato un componente ottico di nuova generazione chiamato Vetro Amplificatore, in grado di amplificare un qualsiasi semplice raggio laser, in un'arma potentissima. Una fazione di Giacarta ha ingaggiato un argentino, Cesar Martinez, per acquisire il laser per loro conto. Nadia sa bene Cesar perchè in passato i due vivevano per la strada e facevano piccoli furti insieme...
Nadia comunica che Martinez è un freelance, e che ha ottenuto una buona reputazione grazie all'omicidio di un agente dell'Intelligence argentina, Roberto Fox. Dunque la missione consiste nel liberarsi di Martinez ed ottenere il Vetro Amplificatore durante una festa che avrà luogo
a Minsk in Bielorussia all'Istituto per la Scienza. Subito
dopo il briefing, Nadia in privato confida a Sydney di conoscere bene Cesar Martinez.
A Minsk, la squadra arriva alla festa, Sydney si avvicina ad un architetto facendosi fare un autografo dall'uomo perchè un congegno ideato da Marshall deve recuperare e decodificare i file del progetto che si trovano nel laboratorio dell'Istituto. Sydney si fa consegnare da Nadia, una carta magnetica rubata ad uno degli scienziati.
Nadia riconosce tra gli ospiti Cesar Martinez, ed ha un flashback; ripensa al passato quando Roberto Fox l'ha ingaggiata per lavorare come spia per il governo argentino. Nadia parla in carcere con Sophia Vargas, direttrice dell'orfanotrofio in cui ha vissuto fino a quel momento, e la donna la incoraggia ad accettare il lavoro. Nadia informa subito la squadra dell'imminente pericolo e quasi subito, dei cecchini sparano nel locale dove si tiene la festa, mentre Martinez va a prendere "l'amplificatore laser".
Sydney nel frattempo apre la cassaforte e prende il Vetro Amplificatore, quando all'improvviso entrano Cesar Martinez ed i suoi uomini: Martinez si fa consegnare il Vetro e chiede a Sydney per chi lavora, quando arriva Nadia dicendo che lavora con lei.
Tornati a Los Angeles all'APO, Sloane rimprovera Nadia per aver tenuto segreto il suo passato con Martinez: Nadia afferma di poter recuperare il Vetro da Martinez, non rivelando a nessuno che in realtà lei lavorava insieme a Martinez sotto la supervisione di Roberto Fox.
Nadia va a Buenos Aires, incontra Cesar in un ristorante, mentre Sydney e Weiss osservano l'incontro. Martinez accetta di vendere il Vetro a Nadia a patto che lei lo accompagni al loro vecchio ufficio senza nessuno che li segua. Nadia accetta, togliendosi l'apparecchio che segna la sua posizione e si allontana con l'uomo facendo perdere le sue tracce.
Martinez chiede a Nadia se pensa ancora a Roberto Fox. Nadia dice di aver scoperto un terribile segreto, durante una missione ha trovato il suo partner
Diego, ferito, il quale le aveva rivelato prima di morire che Roberto Fox era un criminale corrotto che li aveva convinti con l'inganno a lavorare per per lui facendo credere di lavorare per il governo. In realtà faceva rubare loro documenti governativi e Nadia resta sconvolta, dato che pensava fino a quel momento di lavorare veramente per il governo. Nadia conferma i sospetti di Cesar e gli dice di aver ucciso lei Roberto, affermando che lo rifarebbe. Martinez punta a Nadia una pistola, ma lei riesce a bloccarlo e lo cattura, in quel momento arrivano
Sydney e weiss, che riescono a trovarla grazie a Sloane. Nadia dice che il Vetro Amplificatore è nella cassaforte, mentre Weiss porta via Martinez.
Vaughn a Lisbona, si reca all'indirizzo del diario di suo padre: lì trova Sophia Vargas, la direttrice dell'orfanotrofio in cui si trovava Nadia. La donna gli dice che l'unica volta in cui ha incontrato Bill Vaughn è stata quando lui è andato da lei, coperto di sangue e con Nadia in braccio. Vaughn le chiede se magari lei ricorda altri dettagli, e lei dice di aver sentito Bill pronunciare una parola durante una conversazione telefonica, la parola "Usignolo".
