In un ristorante di Parigi Sydney, sta trattando con un suo contatto per avere un microchip, ma all'improvviso l'uomo viene
ucciso. Anche Vaughn era di supporto nella missione e salva Sydney. Appena Sydeny e Vaughn riescono a bloccare l'uomo, questo
si uccide tagliandosi la gola con un coltello.
Tornati a Los Angeles all'APO, Sloane dice che le informazioni scaricate dal microchip rivelano l'esistenza di un dispositivo
di tracciamento biometrico in corso di sviluppo in Austria: se questo venisse collegato ad un'arma, il dispositivo potrebbe
tracciare un individuo in base ad un campione di DNA o ad una scansione biometrica.
Sloane dice inoltre che il cecchino che ha ucciso il loro contatto, lavorava per Sasha Korjev, un trafficante d'armi che sta costruendo una nuova arma di
localizzazione. Sydney deve andare a Salisburgo e recuperare il pericoloso dispositivo. Sloane
delega a Dixon il compito di trovare Korjev, ma Jack si offre di farlo al suo posto.
Vaughn parla a Weiss dei suoi sospetti sulla morte del padre, e Weiss risponde che non può essere che il padre sia ancora
vivo! Vaughn giura che sul diario che ha ritrovato, c'era sicuramente la calligrafia del padre. Weiss consegna a Vaughn un
foglio con il nome di Frank Murdoch, ex-agente delle Forze Speciali di San Diego il cui negozio è citato nel diario di Bill
Vaughn.
Jack dice a Sloane che la CIA vuole che Korjev sia ucciso, e che lui può arrivare più vicino a Korjev di quanto possa fare
Dixon. Jack aggiunge che il suo vecchio amico Korjev avrebbe dovuto essere eliminato anni fa, quando lui ne aveva avuto la
possibilità.
Nel frattempo in un night club di Salisburgo, Sydney deve recuperare una tessera magnetica da un cameriere del locale per
entrare nella zona dove tengono i progetti dell'arma. Così Sydney inizia a chiacchierare con un lavapiatti americano, Sam
Hauser, gli ruba la scheda e tramite un congegno di Marshall, la riprogramma per avere accesso completo ai locali. Appena
arriva negli uffici scopre in un rapporto che l'arma è pronta e sarà portata fuori dal Paese la mattina seguente. La
sicurezza del night club scopre che Sam Hauser, il proprietario della tessera
rubata da Sydney, sembra essere penetrato nei locali riservati e
inizia la caccia all'uomo; Sydney viene scoperta ma riesce a bloccare la guardia e sente dal sul suo walkie-talkie che l'arma
si trova nel magazzino Delongpre, e che le guardie danno la caccia a Sam per ucciderlo. Così Sydney lo trova e lo convince
a scappare con lui per metterlo in salvo.
Vaughn a San Diego, va da Frank Murdoch, che gli mostra una fotografia fatta insieme al padre nel 1982. Frank dice a Vaughn
che Bill è stato abbastanza saggio da sparargli alla schiena, poi ha fumato una sigaretta sul suo corpo sanguinante prima di
andare via. Vaughn una volta rientrato dice a Weiss, di non aver trovato Frank.
Nel frattempo a Salisburgo Sydney chiama il suo contatto per mettere Sam in un programma di protezione. Quando questo arriva
per prelevarli, Sydney si accorge di essere stata tradita dal contatto, li uccide e fugge con Sam! Sydney così spiega a Sam la sua
missione, chiedendogli aiuto per arrivare al magazzino dov'è nascosta l'arma e
portarla a termine insieme.
Jack incontra Sasha Korjev in Angola, il quale ricorda con affetto Jack come suo mentore e gli presenta la moglie Lani.
Korjev dopo poco accusa Jack di averlo tradito e fatto abbandonare dalla CIA, ma Jack dice che è stato lui quello ad essere
tradito e all'improvviso strangola a morte Korjev.
In Austria Sydney scopre che l'arma nel magazzino, è stata montata su un piccolo elicottero d'assalto, e dice a Sam di
aspettarla in un furgone per recuperarla dopo poco. Sydney riesce a raggiungere l'elicotterino liberandosi delle guardie ma
inavvertitamente attiva l'arma proprio contro di lei. Mentre il mini-elicottero le da la caccia, Sydney scappa per i corridoi
del magazzino e cerca di nascondersi. Mentre Sam aspetta, viene ferito da un uomo di Korjev. Sydney colpisce l'uomo e si fa
scudo con il suo corpo ingannando il mini-elicottero che vede il volto di Sydney sotto il cadavere disattivandosi, per aver
eseguito la sua missione. Sydney saluta Sam che tornerà negli stati uniti
A Los Angeles all'APO Sydney incontra il padre Jack che le dice che andrà a cenare prima di tornare a casa, e Sydney gli
propone di andare con lui.
