All'APO Sydney, Weiss e Nadia discutono del compleanno di Nadia che si dimostra contraria a festeggiarlo, visto che la data di nascita le è stata attribuita a caso all'orfanotrofio.
Sloane organizza un briefing e informa la squadra dell'Indice Blackwell, un disco criptato rubato alla CIA che lo stava studiando. Il disco contiene informazioni incriminanti contro molti agenti governativi e uomini di potere e nessuno è mai stato in grado di leggere il disco, criptato con un elevato codice di protezione. La missione consiste nel rubare un disco Decoder che si trova a Parigi, nella stanza delle prove in un distretto di Polizia. Vaughn deve partire d'urgenza per l'Arizona e visitare suo zio Charlie che è in ospedale in coma.
Dixon parla con Sydney, dicendole che non si fida di Sloane per cui controlla tutto quello che fa ed ha anche installato un controllo della linea dell'ufficio di Sloane. Dixon inoltre dice di aver intercettato una telefonata di Sloane a Miles Devereaux, un ex-membro dell'Alleanza dei Dodici. Dixon informa dei suoi sospetti la direttrice Hayden Chase, che dice di aver bisogno di maggiori prove per poter intervenire. Dixon chiede aiuto a Sydney per riuscire a decodificare le conversazioni di Sloane.
Nel frattempo, in Arizona, in ospedale, un'infermiera di nome Rosemary dice a Vaughn che suo zio Charlie parlava frequentemente di Bill, padre di Michael. Rosemary consegna inoltre a Vaughn una busta che suo zio voleva consegnare al padre Bill. La busta contiene la chiave di un armadietto alla stazione degli autobus, Vaugn li trova un diario di suo padre in cui ci sono pagine datate fino al 1982 mentre suo padre teoricamente è morto 3 anni prima!
Per impedire a Sloane di recuperare il decoder corretto, Sydney mostra a Dixon un masterizzatore di mini-dischi, creato da Marshall, che servirà a realizzare una copia corrotta del Decoder.
Nella missione a Parigi, Sydney, vestita da punk americana, si farà arrestare mentre danneggia la vettura di Weiss. Alla stazione di Polizia si presenta Dixon come avvocato americano di Sydney e neutralizza la guardia con un tranquillante. Nadia guida Sydney dall'esterno, collegata alle telecamere del distretto: Sydney così trova il Decoder mentre Sydney blocca le telecamere di sicurezza, crea una copia corrotta del disco fuori dalla visuale della telecamera, rischiando di essere scoperta dalla Polizia. Sydney riesce a cavarsela salendo su un elicottero pilotato da Weiss che la recupera.
Rientrata all'APO, Sydney convince Sloane, che la rimprovera per la sua imprudenza durante la missione. Sydney informa Sloane del compleanno di Nadia che così organizza a casa sua una cena per festeggiarlo. Alla cena partecipano anche Jack, Weiss e Sydney,la quale riceve una telefonata da Dixon e fingendo che si tratti di Vaughn si alza da tavola e va a parlare nello studio di Sloane, dove accede al suo telefono criptato e trasmette a Dixon le conversazioni criptate dell'uomo con Devereux. Le conversazioni in effetti rivelano il contatto di Sloane con Deveraux, ed un'implicita ricostituzione dell'Alleanza. Mentre Sydney, sta per lasciare lo studio di Sloane, viene sorpresa da Nadia. Nadia accusa Sydney di averla usata con il pretesto di festeggiare il suo compleanno, ma Sydney le spiega la situazione. Dixon, portando le conversazioni decodificate di Sloane, convince la direttrice Chase che Sloane va fermato.
Così Sydney, Nadia, Dixon e la Chase partono per Bruxells e pedinano Sloane mentre entra in un edificio abbandonato. All'interno dell'edificio Deveraux presenta ad un gruppo di uomini l'Indice Blackwell, che va decriptato usando il Decoder che è adesso in possesso di Sloane.
Sydney, Dixon e la direttrice Chase irrompono nell'edificio, lasciando Nadia a controllare il perimetro esterno. I tre trovano Sloane da solo in una stanza che con un portatilea distanza controlla l'incontro dei membri dell'Alleanza con Jack! Sydney capisce che Jack è in pericolo perchè ha il falso Decoder, infatti quando Devereaux se ne accorge inizia a picchiare Jack. Nadia tempestivamente avvertita irrompe con la sua auto nell'edificio, uccidendo i membri dell'Alleanza presenti e salvando Jack.
In Arizona intanto, Vaughn cerca di parlare con suo zio all'ospedale, chiedendosi se suo padre sia ancora vivo. Vaughn incontra un'infermiera e le chiede di poter parlare con la sua collega Rosemary, ma scopre che nell'ospedale non lavora nessna infermiera con quel nome e che faccia turni particolari.
Rientrato a Los Angeles, Sloane, inserisce il Decoder nel suo portatile, riuscendo a decriptare l'Indice Blackwell. Sloane chiama subito Jack e gli dice che adesso hanno tutto ciò di cui hanno bisogno ed anche di più.
