Sydney, su un treno esce dalla toilette indossando solamente indumenti intimi, il suo scopo è sedurre un uomo per riuscire a rubare il contenuto della sua valigetta. Sydeny raggiunge il suo scopo L'uomo apre la valigetta, facendo vedere che al suo interno contiene un cilindro con un isotopo instabile. Sydney neutralizza l'uomo e prende l'isotopo, fuggendo nei corridoi del treno. Una delle guardie la insegue: inizia una colluttazione tra i due, e sydney rischia di cadere dal treno.
Shanghai, 72 ore prima. Sydney, stà scappando con il suo partner, qualcuno la insegue! Si nasconde con il collega, Brodien, nel bagno di una discoteca. Sembra che la missione sia andata male e un loro collega sia rimasto ucciso.
Rientrata a Los Angeles, Sydney viene accusata di violazione del protocollo dalla nuova direttrice CIA Hayden Chase, e per questo motivo viene degradata ad eseguire solamente lavori d'ufficio. Sydney si ribella e si dimette!. Nel frattempo, a Washington, Vaughn e Weiss parlano del crollo di Vaughn dopo aver scoperto la verità sulla moglie e dice di aver lasciato la CIA.
Sydney cammina in metropolitana, ed entra in ulocale al cui ingresos è scritto "Solo Personale Autorizzato". Sydney si ritrova in un moderno ufficio: ad accoglierla c'è la direttrice CIA Chase, che le da' il benvenuto e spiega che Langley ha approvato da alcuni mesi la nascita di questa divisione segreta della CIA che serve per risolvere missioni delicate e particolari. I componenti del nuovo team di cui anche Sydney fa parte sono i suoi amici e colleghi: Dixon, Vaughn, il padre Jack... e Arvin Sloane, che ne è il capo. La direttrice spiega in privato a Sydney, che è sconvolta nel vedere Sloane come suo nuovo capo, che la CIA aveva bisogno dei contatti di Sloane, e che in questo modo la squadra servirà a controllare continuamente Sloane evitando che possa tradirli per i suoi scopi.
Nella prima riunione, Sloane spiega che la loro nuova unità segreta, che è come un SD-6 interno alla CIA, si chiama APO (Authorized Personnel Only), in italiano "Solo Personale Autorizzato". La prima missione da compiere riguarda uno scienziato chiamato Yuri Kamarov, che vuole rivendere un isotopo instabile ad un ignoto compratore su un treno in Bielorussia. Vaughn deve incontrare il potenziale compratore, mentre Sydney si impossesserà dell'isotopo dall'uomo che lo trasporta. Sul treno, Sydney entra nella cuccetta di Kamarov affermando che quella è la sua cuccetta. Vaughn finge intanto di essere Kamarov ed incontra il compratore, che lavora per un certo sig. Vadik, mentre Sydney tiene occupato lo scienziato che possiede l'isotopo. Il compratore riconosce Vaughn e lo fa inseguire da uno dei suoi uomini mentre Vaughn cerca di scappare. Vaughn comunica a Sydney che è saltata la sua copertura. Vaughn si libera del suo inseguitore e corre ad aiutare Sydney, riuscendo ad arrivare prima che finisca fuori dal treno.
Sydney e Vaughn tornano a casa e fanno l'amore. Vaughn chiede poi a Sydney cosa è successo a Wittenburg. Sydney ripensa a quando stava leggendo il documento top-secret sul progetto s.a.b.47, quando proprio in quel momento è comparso il padre Jack.
Nella missione successiva, Sloane chiede a Sydney di andare in Argentina e parlare con la sorella Nadia di Roman Vadik, con cui da spia aveva avuto a che fare. Sloane dice che Nadia ha lasciato il mondo dello spionaggio ed è tornata in Argentina dopo aver trovato con lui un manufatto di Rambaldi ed averlo consegnato al governo statunitense. In Argentina, Nadia incontra la sorella e le rivela che il braccio destro di Vadik è Kazu Tamazaki.
Tornata a casa, Sydney parla ancora a Vaughn di Wittenburg, confessandogli che in quei docoumenti ha scoperto che suo padre Jack ha ucciso sua madre Irina Derevko.
Nelle ricerchè di Tamazaki l'APO scopre che cinque anni prima, aveva cercato di rubare la spada Shintaro dal museo Hasunaga di Londra senza riuscire nell'intento. Sloane quindi propone di rubare la spada ed usarla come esca per fare uscire allo scoperto Tamazaki. Dixon propone di reclutare anche Marshall, esperto elettronico, che lavora ancora alla CIA. Al museo di Londra, Sydney riesce a rubare la spada, anche se con qualche problema, ma riesce a fuggire con l'aiuto del padre, su un auto della Polizia.
Jack nel frattempo parlando a Sloane dice che a Wittenburg non ha rivelato proprio tutta la vertià a Sydney.
Dixon organizza l'incontro per vendere la spada a Tamazakia, a Rio de Janeiro. Per raccogliere più informazioni possibile su Tamazaki Jack va a parlare ad uno dei suoi uomini arrestato nella missione di shangai,il quale confessa che in realtà Vadik è proprio Tamazaki. All'incontro Tamazaki rapisce Sydney e scompare. Vaughn disperato, chiama Nadia in Argentina e le chiede aiuto per salvare la sorella. Tamazaki chiede a Sydney come ha fatto a scoprire del contratto, torturarndola per convincerla a confessare. L'uomo una volta capito che Sydney non ne sapeva nulla le dice che avrebbe dovuto assassinarla, ma il giorno prima dell'omicidio il suo cliente, è stato ucciso.
Nadia riesce a penetrare nel nascondiglio di Tamazaki, riuscendo a salvare Sydney. Tamazaki stordisce però Nadia, attaccando Sydney con la spada Shintaro: è però Sydney ad avere la meglio. Prima di morire, Tamazaki confessa a Sydney che era stata Irina Derevko ad ingaggiarlo per ucciderla.
Nadia entra nell'APO. Sydney dice a Jack che Tamazaki doveva ucciderla: Jack dice di non sapere come mai Irina volesse la morte di sua figlia.
Weiss che lavora ancora alla CIA è a casa di Sydney e non sa ancora nulla dell'APO credendo che lavori in banca, poi suona il campanello, conosce Nadia ed è subito attratto da lei.
Nadia dice a Sydney che vuole saperne di più della madre, così Sydney la porta a Mosca, dove ha fatto seppellire Irina. Sydney dice di non avere idea di sia l'assassino e Nadia giura vendetta con la persona che ha ucciso la madre.
