Will, addormentato e picchiato brutalmente, viene portato in un magazzino e immobilizzato; il sig. Sark gli chiede cosa sa sulla "circonferenza", ma Will dice di non sapere nulla. Entra nella stanza un uomo con gli occhiali taiwanese, che già aveva torturato Sydney mesi prima (vedi episodio 1.1), pronto ad estirpare i denti di Will pur di farlo parlare...
Mentre sta parlando con Francie, Sydney riceve una telefonata da Sark, che le chiede lo scambio tra il suo amico e la pagina "bianca" del manoscritto di Rambaldi che è stata rubata a Parigi e l'ampolla con la soluzione necessaria per leggerla: lo scambio avrà luogo a Taipei 24 ore dopo.
Jack accetta di aiutare a salvare Will. Lui può facilmente prendere l'ampolla dai magazzini della CIA, ma recuperare la pagina sarà più difficile, dato che si trova in un deposito dell'SD-6 situato poco lontano dalla costa di Santa Barbara... e loro avranno bisogno delle impronte digitali di Sloane e del suo timbro vocale per ottenere l'accesso. Jack propone di studiare da soli la pagina di Rambaldi dopo aver applicato la soluzione per determinare il suo valore, prima di negoziare ulteriormente con Sark. Jack dice anche a Sydney di non parlare della faccenda a Vaughn, dato che all'interno della CIA c'è una talpa.
Quando Vaughn spiega a Sydney che Will probabilmente è ancora vivo, si rende conto che la ragazza nasconde qualcosa. Più tardi, Vaughn dice a Weiss di sospettare che Sydney ha un suo piano segreto per salvare Will.
Emily Sloane è uscita dall'ospedale, dato che il suo cancro sta regredendo. Ad una casa sul mare nascosta, Sloane finalmente dice alla moglie tutta la verità sull'SD-6...
Più tardi all'SD-6, il membro dell'Alleanza Ramon Veloso spiega a Sloane che loro avevano permesso ad Emily di vivere soltanto perchè il suo futuro era stato deciso dal suo linfoma; Sloane chiede che la vita della moglie venga risparmiata, ma secondo il protocollo la donna va eliminata. Se Sloane eseguirà i loro ordini, tuttavia, Veloso afferma che diventerà pienamente un membro dell'Alleanza dei Dodici...
Indossando un dispositivo di registrazione, Sydney va a trovare Sloane nel suo ufficio per parlargli della situazione di Emily: in realtà sta distraendo l'uomo mentre Jack è entrato nel computer di Sloane per ottenere la password per accedere al deposito, e tramite il dispositivo permette a Jack di ottenere le impronte di Sloane e il suo timbro vocale.
Sydney riesce così ad andare al deposito dell'SD-6 e a rubare la pagina di Rambaldi, ma uscendo dall'acqua trova Dixon, che ha spiato le sue ultime mosse, ad attenderla. L'uomo le chiede di sapere perchè aveva usato il nome in codice "Freelancer" durante la missione sul monte Aconcagua, dato che Marshall ha detto a Dixon che il suo nome in codice era un altro... Dixon le chiede per chi lavora, ma Sydney insiste di non star tradendo il suo Paese, ma gli dice di non potergli rivelare la verità... e Dixon va via.
Nel frattempo, Vaughn si incontra con Devlin e Haladki. Weiss ha fatto rapporto che Vaughn non si fida pienamente di Sydney, e adesso tutti vogliono sapere cosa sta nascondendo la ragazza.
Jack chiama Devlin; dopo aver preso l'ampolla dal magazzino della CIA, Jack assicura che restituirà presto l'ampolla sottratta una volta che la sua missione sarà completata, e Devlin chiede a Jack di tornare immediatamente.
Dato che Will è scomparso da sei giorni, la sua collega Abby, al giornale, va dalla direttrice Litvack consegnandole la busta chiusa con l'articolo di Will sull'SD-6. La direttrice accetta di pubblicare subito in prima pagina l'articolo...
Usando la soluzione di Rambaldi, Jack e Sydney finalmente riescono a leggere la misteriosa pagina "bianca": appaiono dei disegni dello stesso "dispositivo Mueller" rubato da Sydney alcuni mesi prima a Taipei mentre era in uno stadio di prototipo. Jack spiega che questo potrebbe spiegare la misteriosa ricerca di Khasinau per la "circonferenza", un preciso insieme di istruzioni per costruire il dispositivo nel disegno di Rambaldi.
Jack immobilizza Haladki quando l'uomo entra in auto, e sotto tortura gli fa ammettere di essere la talpa all'interno della CIA, e di lavorare da due anni per Khasinau. Haladki dice di sapere che le istruzioni servono per una "batteria" che Khasinau sta costruendo in un laboratorio di Taipei... e dopo che un terrorizzato Haladki gli ha detto tutto quanto sa, Jack lo accusa di aver smascherato l'identità di Sydney e lo uccide.
Vaughn trova Sydney da sola in una stazione ferroviaria. L'uomo si è reso conto di cosa Sydney stia progettando, e accetta di aiutarla a salvare Will. Con Jack, i due si recheranno a Taipei, e mentre Jack si incontrerà con Sark e scambierà la pagina con Will, Sydney e Vaughn andranno insieme a distruggere la batteria e il laboratorio stesso in cui si trova la batteria.
Nel frattempo, a casa, Sloane mescola una polverina in un bicchiere di vino. L'uomo ed Emily alzano tristemente i loro bicchieri per un ultimo brindisi, ed Emily perdona il marito per tutti gli errori che lui ha commesso.
Dopo molte ore di tortura, a Taipei, Will non ha ancora rivelato nulla sulla "circonferenza", nemmeno con l'ausilio di un siero della verità, che in un caso su cinque provoca la paralisi, che l'uomo con gli occhiali taiwanese gli ha somministrato. Quando Will viene finalmente liberato dalle sue catene, apparentemente paralizzato, il ragazzo conficca una siringa con il siero nel collo del suo sadistico interrogatore. Le guardie portano via Will, verso il luogo dello scambio.
Jack si incontra con Sark, e gli da' la pagina con il disegno rivelato di Rambaldi in cambio di Will, che è sanguinante ma ancora vivo. Will ringrazia ed abbraccia Jack che gli ha salvato la vita.
Dall'altra parte della città, Sydney e Vaughn trovano il dispositivo Mueller, chiuso nella stanza numero 47 sotto una discoteca taiwanese. Il dispositivo è in effetti molto simile al prototipo recuperato mesi prima da Sydney, soltanto è molto, molto più grande... Sydney fa esplodere una bomba datole da Jack, provocando la distruzione dell'enorme dispositivo e causando un fiume d'acqua. Sydney e Vaughn corrono per i cunicoli del complesso sotterraneo, cercando di sfuggire al terribile fiume che potrebbe sommergerli. Sydney riesce a scappare attraverso una porta di sicurezza, ma non riesce a tenerla aperta abbastanza anche per far passare Vaughn, che si ritrova intrappolato dall'altro lato nel cunicolo che si riempie subito di acqua, e pochi secondi dopo Vaughn è scomparso. Sydney è disperata per non averlo potuto salvare, e quando gira la testa viene colpita da una guardia di sicurezza.
Al risveglio, Sydney si risveglia in una situazione familiare: è ancora una volta incatenata in una sedia, in un magazzino di Taipei. Questa volta però, invece dell'uomo con gli occhiali pronto ad estirparle i denti pur di farla parlare, l'uomo che si trova davanti è Khasinau, che le spiega che il "suo capo" ha delle domande per lei. Sydney è dubbiosa ed ammette di pensare che l' "Uomo" fosse il capo... ma non si tratta in effetti di Khasinau. Il misterioso "Uomo" in effetti è una donna... Irina Derevko/Laura Bristow, la madre che Sydney non vede da trent'anni!
