Sydney sta dormendo con Noah nel cottage nella foresta di Arkhangelsk.
Dopo aver passato la notte con lui, i due vengono sorpresi dai soldati di Khasinau che li hanno rintracciati. Fuggendo attraverso un passaggio segreto nel pavimento, Sydney e Noah fuggono in motocicletta, e vengono recuperati dall'SD-6 pochi istanti prima che i soldati sparino contro di loro.
Nel frattempo, Vaughn conferma a Sydney che il Direttorio K ha ingaggiato un assassino, nome in codice "Snowman", per uccidere Khasinau, e propone di seguire le tracce di Snowman per arrivare a Khasinau.
Al ritorno di Sydney all'SD-6, Noah le fa una proposta interessante: mentre lavorava sotto copertura, Noah ha aperto alcuni conti bancari segreti, e adesso vuole fuggire e lasciarsi dietro lo spionaggio, chiedendo a Sydney di venir via con lui. La ragazza rifiuta, affermando di voler prima trovare sua madre. Ma Sloane ha scoperto le pratiche bancarie poco chiare di Noah e si chiede se l'agente sia davvero leale...
Jack è visibilmente agitato, e dice a Sydney che le informazioni del nucleo dati che ha recuperato ad Arkhangerlsk è inutile e non contiene dati utili per ritrovare Khasinau. Tra i dati ci sono comunque dei file video di Laura Bristow, video registrati dopo l'incidente auto e la sua supposta morte. Sydney guarda il granuloso video, e si rende conto della dura verità su sua madre: Laura Bristow, usando il suo vero nome Irina Derevko, risponde alle domande che le vengono poste da Khasinau e da un altro uomo. La Derevko afferma di essere venuta in America allo scopo di sedurre Jack Bristow e, dopo le nozze, di monitorare le sue conversazioni, comunicando al KGB ogni cosa che scopriva.
L'altro uomo che appare nel video, Igor Valenko, ha un aspetto familiare: Sydney indaga e scopre che l'uomo lavorava sotto copertura per l'FBI con il nome "Calder", concludendo che l'uomo era l'agente (apparso anche nell'articolo di giornale) che inseguiva Laura Bristow prima del suo incidente "fatale", e anche lui ha finto la sua morte in quell'incidente.
Sydney scopre che Valenko al momento ha degli affari con una banca a Città del Capo, in Sudafrica, e immagina che l'uomo abbia ancora dei legami con Khasinau. Usando la sua idea, Jack propone a Sloane di mandare Noah e Sydney a Città del Capo per recuperare i file bancari ed avere una pista da seguire. Sloane è riluttante, non fidandosi di Noah, ed esprime le sue preoccupazioni sul fatto che Jack stia difendendo un altro uomo nella vita di Sydney, ma alla fine accetta la proposta.
Seguendo una pista parallela verso Khasinau, Vaughn va a Bogotà per incontrarsi con Kishell, un uomo che un tempo lavorava con Snowman. Questo agente, con il volto sfigurato dopo il suo ultimo incontro con l'assassino, aveva in precedenza rifiutato di aiutare la CIA, ma col tempo ha cambiato idea e adesso offre il suo aiuto.
Jack intanto riesce a trovare finalmente il coraggio per guardare il video ritrovato di sua moglie Laura, e nonostante sapesse già la verità è sconvolto di ascoltare il suo tradimento in questo modo.
Usando un ingegnoso dispositivo per arrestare i suoni ideato da Marshall, Noah e Sydney irrompono nel magazzino sudafricano e riescono con successo a penetrare nel computer usando un modem senza fili, scaricando tutti i file bancari su un portatile, ma un sofisticato sistema di sicurezza pare buttare all'aria la loro missione: quando i due tornano a casa, scoprono che la memoria dell'hard disk del portatile è stata cancellata prima che loro riuscissero a fuggire.
Quando Sydney ritorna dal Sudafrica, Will e Francie finalmente le chiedono della misteriosa e inspiegabile ricevuta del viaggio aereo dall'Italia. Pressata dalle loro domande, Sydney mente inventandosi di aver cambiato lavoro all'interno del Credit Dauphine e di occuparsi adesso di affari estremamente privati e riservati che coinvolgono clienti lontani che vogliono mantenere la riservatezza e non si fidano dei mezzi di comunicazione tradizionali. Gli amici le credono, e lei è triste per aver dovuto mentire ancora.
Proprio quando Sydney sta ricominciando a fidarsi di Noah, è sorpresa nello scoprire che l'uomo ha accettato un'altra lunga missione sotto copertura. Prima che Noah parta, l'uomo le chiede ancora di partire con lui: Sydney è attratta dalla proposta, ma ancora una volta rifiuta.
Marshall, grazie alle sue abilità, riesce a recuperare le informazioni dall'hard disk formattato, e secondo i file ritrovati Valenko/Calder si trova a Mackay, in Australia. Dixon e Sydney partono immediatamente per catturarlo, sperando che ciò li porterà più vicini a Khasinau.
Vaughn riceve una chiamata dalla sua fonte a Bogotà, che lo avverte che Snowman è stato avvistato a Mackay, in Australia, e Vaughn vorrebbe avvertire Sydney del pericolo ma non può contattarla.
Quando Sydney entra nella villa di Valenko non trova guardie del corpo ma soltanto uomini morti. Nella cucina della casa, Sydney trova Snowman col volto coperto sul cadavere di Valenko/Calder, e ha un duro e brutale combattimento con l'assassino. Durante la lotta, Sydney provoca la caduta di Snowman sul coltello rompighiaccio che l'uomo aveva in mano, e l'uomo cade morente a terra. Sydney gli toglie la maschera, e scopre che si tratta di Noah.....
