Sydney arriva in Italia, sul monte Subasio. Scala la montagna,
cercando di dimostrare di non essere lei la donna della Profezia di Rambaldi, e una volta in cima usa un telefono satellitare per chiamare l'FBI e farsi riprendere.
Dopo il suo ritorno negli Stati Uniti, Jack le spiega che la CIA indaga ancora sulla Profezia, ma sta cercando adesso sua madre Laura. Jack conferma anche che, secondo un'indagine della CIA dopo l'incidente automobilistico di sua madre, una commissione speciale della CIA aveva concluso che la donna era rimasta viva ed era riuscita a fuggire... e Sloane, che faceva parte della commissione, ha mantenuto il segreto con lui riguardo alla faccenda per tutti questi anni.
Sydney è adesso determinata a ritrovare sua madre, e si incontra in privato con Sloane a casa dell'uomo per chiedergli aiuto, e l'uomo le promette di aiutarla.
Il giorno dopo, però, Sloane assegna Sydney ad una missione per ritrovare del materiale su Alexander Khasinau, il misterioso "Uomo". Quando Sydney va a protestare con Sloane, ricordandogli di voler trovare prima sua madre, l'uomo le spiega che Khasinau era il superiore di Laura Bristow al KGB, dunque indagando su di lui lei indagherà anche su sua madre.
Dixon e Sloane si recano a Vienna e si incontrano con un agente infiltrato all'ambasciata russa. L'agente, Wexler, ha un microchip con informazioni preziose sull'organizzazione di Khasinau.
Indossando una maschera, Sydney va ad un ballo in maschera all'ambasciata. Un altro uomo, anche lui con una maschera, le sussurra che Wexler è stato ucciso e che ambedue sono in pericolo. In privato, i due si tolgono le maschere, e l'uomo si scopre essere Noah Hicks, un agente dell'SD-6 con cui Sydney usciva alcuni anni prima.
Insieme i due agenti riescono ad entrare nei sotterranei e a trovare il cadavere di Wexler. Sospettando che l'uomo abbia ingoiato il microchip per tenerlo nascosto, Noah e Sydney fanno un incisione nel corpo dell'uomo ed estraggono il microchip. Degli agenti nemici però sono sulle loro tracce, così Sydney e Dixon fuggono da Vienna portando con loro Noah.
Sull'aereo che li riporta a casa, Sydney chiede a Noah perchè cinque anni prima è partito senza nemmeno salutarla. Si scopre ben presto che Noah aveva cercato di contattare Sydney con un'e-mail pubblicitaria cifrata, ma Sydney ha cancellato l'e-mail senza leggerla, dunque la loro separazione è stato il frutto di un malinteso prima che Hicks venisse trasferito fuori dagli USA come agente infiltrato.
Quella sera, Francie prende in prestito il cappotto di Sydney e trova nella tasca la ricevuta di un viaggio aereo dall'Italia. Sydney aveva detto a Francie e Will di esser stata a Seattle, così i due cercano una spiegazione per il misterioso biglietto, chiedendosi se l'amica nasconda loro qualcosa e decidendo di chiederglielo quando tornerà dal suo ultimo viaggio a "San Francisco"...
Intanto Jack, dopo aver scoperto che sua moglie Laura è ancora viva, è furioso per il fatto che Sloane gli ha sempre nascosto la verità, e cerca di consolarsi bevendo, ma Sydney lo sorprende a bere in un bar nel primo pomeriggio e lo informa che Devlin gli ha ordinato di incontrare la dott.ssa Barnett, la psicologa della CIA... il muro tra padre e figlia cresce ancora una volta.
Seguendo gli ordini, Jack va dalla dott.ssa Barnett: la donna è un duro giudice del carattere di Jack, e non crede che l'uomo sia stato sincero con lei o con se stesso, chiedendogli di venire a trovarla una volta alla settimana.
Dopo che il microchip viene analizzato all'SD-6, Sydney e Noah vengono inviati nella foresta di Arkhangelsk in Russia. In un complesso sotterraneo, sotto una stazione dei ranger, si trova un computer con informazioni sull'organizzazione di Khasinau. Sydney e Noah irrompono nel complesso per rubare il nucleo centrale dei dati dal computer, e Sydney usa l'opportunità per avere una conferma alla vita segreta di sua madre Laura, che era anche l'agente KGB Irina Derevko.
Il nucleo dei dati è mantenuto ad una temperatura sotto lo zero in una camera criogenica, e Sydney indossa una tuta protettiva per accedere alla sala. Durante l'invasione, uno degli uomini di Khasinau aziona un braccio robotico all'interno della camera, che colpisce Sydney e la fa cadere a terra, provocando la rottura del vetro del suo casco, e Noah salva Sydney in tempo prima che la ragazza muoia a causa del freddo paralizzante. Sydney e Noah riescono a fuggire con il nucleo, e si rifugiato in uno chalet nascosto dell'SD-6.
Prima di essere recuperati i due devono trascorrere la notte nello chalet.
Parlando scoprono che la loro passione non si è ancora e iniziando a baciarsi...
