Sydney sta fuggendo in macchina da un gruppo di auto della polizia
che la insegue ... dove sta cercando di andare? E da chi sta scappando? La fuga di Sydney finisce al porto, e Sydney capisce che è circondata dalla polizia e si butta con l'auto in mare...
La scena torna indietro di un giorno: Sydney è incatenata ad una sedia, e ci troviamo poco dopo che l'FBI l'ha tratta in arresto in quanto dalle analisi fatte lei corrisponde al profilo di donna tracciato da Rambaldi nel suo diario. L'agente speciale dell'FBI Kendall la interroga a capo di una squadra di agenti. La CIA è adesso fuori dal quadro, e gli agenti scandagliano la storia di Sydney e il suo legame alla profezia di Rambaldi, chiedendo alla ragazza di raccontare tutto dall'inizio.
Sydney inizia a raccontare di come è stata reclutata dall'SD-6, ha poi lavorato al Credit Dauphine per 6 mesi, prima di fare 8 mesi di addestramento... e in un momento doloroso, Sydney deve ricordare anche l'uccisione del suo fidanzato Danny Hecht.
Sydney spiega poi come ha fatto a scoprire la verità sull'SD-6 da suo padre, e di aver poi unito le forze con la CIA e di essere diventata una doppiogiochista. La ragazza conferma quanto l'FBI già sapeva: suo padre è doppiogiochista come lei, e Arvin Sloane l'ha reclutata ed inserita nel mondo dello spionaggio... ma non è chiaro se l'FBI vuole credere più alla verità di Sydney o alla Profezia di Rambaldi.
Nel frattempo, Jack dice a Vaughn che la sua copertura all'SD-6 sarà distrutta se lei rimarrà ancora sotto custodia dell'FBI. Vaughn rilegge a fondo la profezia e scopre che, secondo Rambaldi, la donna della Profezia non avrebbe mai visto il monte Subasio in Italia. Dato che l'FBI interpreta il significato della Profezia in modo letterale, Vaughn ha un piano per riuscire a liberare Sydney e provare la sua innocenza: Vaughn e Jack decidono di far partire in qualche modo Sydney per farle vedere la montagna. Se avranno successo, l'azione libererà Sydney dal sospetto di essere la donna della Profezia.
Vaughn scopre casualmente, parlando con Weiss, che Haladki lavorava per l'FBI e che ha ancora dei contatti lì. Vaughn chiede ad Haladki notizie su dove sia tenuta Sydney, ma non riceve alcun aiuto.
L'interrogatorio prosegue, e Sydney parla di sua madre, una donna senza scrupoli che ha lavorato per anni come spia del KGB uccidendo parecchi agenti, e che mentre veniva inseguita in auto da un agente dell'FBI è finita fuori strada e scomparsa con l'auto in un fiume. Sydney spiega poi come funziona la sua vita da agente doppiogiochista: l'SD-6 le da' una missione da compiere, poi lei si incontra con Vaughn che le assegna una contromissione della CIA. Sydney parla dell'esplosione di Badenweiler per illustrare le contraddizioni in cui si può venire a trovare.
Jack usa la forza bruta e le minacce per costringere Haladki a rivelargli dove è tenuta Sydney. Nota l'informazione, il piano di Vaughn entra in azione, e Jack, Vaughn e Weiss salvano Sydney durante un trasferimento e le illustrano la loro soluzione per la Profezia di Rambaldi. Sydney all'inizio si arrabbia, dato che la sua evasione l'ha resa una fuggiasca, ma poi accetta di partire per vedere il monte Subasio.
Quando Haladki viene a sapere dell'evasione, informa immediatamente l'FBI, scoprendo che quattro auto non segnate sono state portate fuori, comunicando all'FBI o numeri delle targhe.
Ci ritroviamo così alla scena iniziale: la corsa in auto di Sydney verso l'aeroporto è interrotta dalla polizia che arriva e la circonda... e in un momento ironico, Will e Francie assistono alla TV all'inseguimento attraverso le strade cittadine, non rendendosi conto che la protagonista della fuga è la loro migliore amica.
Dopo essersi gettata in mare con l'auto, Sydney esce dall'auto, e respira l'ossigeno contenuto nelle gomme. In questo modo, Sydney resta sott'acqua per più di dieci minuti, abbastanza per poter poi fuggire liberamente. Prima di imbarcarsi sull'aereo, Sydney incontra suo padre e gli rivela il modo in cui è scappata alla polizia, notando il parallelismo con la vicenda della morte di sua madre Laura... e se lei è riuscita ad ingannare la polizia in questo modo, forse anche sua madre ha fatto la stessa cosa... e forse la donna raffigurata nella Profezia di Rambaldi è sua madre...
