Sydney si trova a Mosca sotto il tiro di Sark e degli altri uomini ma riesce a dondolarsi e ad entrare in un edificio vicino, e viene poi aiutata da Dixon a scappare. Sydney torna all'SD-6 con il video dell'incontro tra il misterioso sig. Sark e il Direttorio K, e da' a Vaughn lo stesso video.
Nel frattempo, le indagini di Will hanno attirato inattese, e potenzialmente mortali, attenzioni da parte dell'SD-6. Sloane dice a Jack che il giornalista deve essere messo a tacere prima che possa scoprire troppe cose; Jack insiste che servono maggiori prove prima di prendere decisioni drastiche.
Dopo aver saputo dell'infedeltà di Charlie, Francie deve affrontare il duro compito di restituire i regali di nozze, e dice a Sydney che, sebbene il matrimonio sia stato annullato, non riesce a togliersi l'anello di fidanzamento. Sydney le rivela di indossare ancora l'anello che Danny le aveva dato, e in un momento toccante le due coinquiline si tolgono contemporaneamente i rispettivi anelli.
Sulla base delle informazioni ottenute a Mosca, Sydney e Dixon devono partire per la Tunisia. Un manoscritto di Milo Rambaldi, lo stesso che Anna Espinosa aveva rubato in Argentina, è tenuto su uno yacht, e la loro missione è recuperare il manufatto prima che Sark arrivi a prenderlo su indicazioni del Direttorio K. La contromissione CIA per Sydney è quella di fotografare l'inestimabile manoscritto prima di restituire l'originale all'SD-6.
In Tunisia, usando il suo fascino femminile, Sydney riesce a salire sullo yacht fingendo di essere una turista il cui motoscafo ha finito la benzina, e stordisce i vari agenti del Direttorio K che si trovano sullo yacht, prendendo il manoscritto di Rambaldi insieme allo stesso yacht, e lasciando Sark e i suoi colleghi dietro sulla costa.
Al suo ritorno, Vaughn presenta a Sydney un dilemma morale: sapendo che Sydney è amica di Emily, la moglie di Sloane malata di cancro, Vaughn vuole che Sydney sfrutti l'amicizia per ottenere l'ingresso a casa di Sloane e sistemare una microspia a forma di fermaglio nello studio dell'uomo. Sydney non se la sentirebbe di manipolare una donna malata, ma alla fine accetta. Dopo una telefonata amichevole, Emily invita Sydney a cena a casa sua, dicendole di portare anche un amico.
Intanto Will va in carcere da David McNeil con le informazioni ottenute dal programma spia nel software dello stesso McNeil. I due non se ne rendono conto, ma degli agenti dell'SD-6 stanno registrando la loro conversazione grazie ad una microspia posizionata da un uomo su Will.
Due uomini mascherati rapiscono Will all'uscita della prigione, tirandolo fuori dalla sua auto e portandolo in un magazzino abbandonato. Gli uomini minacciano Will di interrompere le sue indagini, o la sua famiglia e i suoi amici (compresa Sydney) verranno uccisi. Will non sa chi sono gli uomini che lo minacciano, ma l'uomo che gli parla con la voce contraffatta è proprio Jack, padre di Sydney. Il giorno dopo, Will torna per l'ultima volta in carcere ed informa McNeil di trovarsi nella sua stessa situazione passata e di dover abbandonare le indagini o i suoi cari moriranno. Will chiama Jenny e rompe con lei, ma la ragazza non prende molto bene la notizia.
Mentre Sydney si prepara per la cena a casa Sloane, Vaughn la chiama per un incontro importante. La CIA ha analizzato tramite le sue fotografie le pagine del manoscritto Rambaldi, e nello stile dell'uomo la pagina 47 del manoscritto si è scoperta essere significativamente bianca. Dato che il manoscritto è per ora nella cassaforte a casa di Sloane, Sydney deve prendere l'importante pagina allontanandosi con una scusa durante la cena. Prima di andare via, Sydney dice a Vaughn che andrà alla cena con Will, e Vaughn non fa commenti ma è innegabilmente geloso della cosa.
Durante la cena, Sydney si allontana e riesce ad aprire la cassaforte di Sloane, prende la pagina 47 sostituendola con un'altra pagina bianca falsa, e in silenzio chiude la cassaforte. Quando si gira per tornare a tavola, Sydney si allarma trovando Sloane alla porta, chiedendosi se l'uomo ha visto qualcosa. Durante la cena, Emily si complimenta con Will per un suo articolo che gli ha permesso di vincere il premio Caplan, e Sloane si informa sugli articoli attuali di Will.
Usando la fiala del liquido di Rambaldi che McKenas Cole aveva cercato di rubare, la CIA riesce a rivelare il contenuto scritto della pagina 47 del manoscritto. Vaughn è sconvolto da quanto vede, e immediatamente si incontra con Sydney per mostrarglielo. Sydney prende la pagina... e vede un ritratto di una donna somigliante in modo impressionante a lei. Come ha fatto
Rambaldi nel 15° secolo a disegnare una sua immagine nel manoscritto?
